平成18年（2006年）10月1日に言語文化研究院の組織が改組されました。新しい組織では、「言語環境学部門」と「国際文化共生学部門」の２部門から構成されています。

「言語環境学部門」

「言語環境学部門」は、人間の社会生活の基本である言語と言語活動、人々の生活を取り巻く言語環境を科学的、総合的に研究する部門です。言語そのもの（狭義の言語学の研究対象としての）に限定せず、人間の生活の場における言語の諸相・動態、言語と人間・社会・文化との相互関係を主な研究対象としています。具体的には、言語習得（母語および外国語）にかかわる諸問題の研究と、人間のコミュニケーションの場・社会・文化における言語の用いられ方、および言語の媒体としてのメディア、コミュニケーション技術の研究があげられます。

「言語教育学講座」は特に教育の観点から言語および言語環境の研究・教育を行い、その研究成果を教育の実践に移すことを目的としており、第二言語習得論、言語教育論、外国語教授法などを担当します。
さまざまな言語を対象として、言語の理解と運用能力を開発するための理論と方法、言語教育に関連する諸問題を総合的に研究します。
同時に、外国語教育法の改善に貢献すべく、外国語の教育および自主学習のあり方を検討し、教育プログラムや教材の開発にも取り組みます。

「言語情報学講座」は広い意味における言語情報と情報の媒体であるメディアの総合的研究をおこないます。
国際化の進展する現代社会における人間のコミュニケーション活動の諸相を、言語・情報・メディアを対象に分析します。特に、インターネットに代表される現代のメディア技術の急速な発展に伴うコミュニケーション活動の変容の諸相を重視します。また、言語が社会・文化の構築に果たす役割、異文化交流において複数言語の接触が引き起こす諸問題の研究にも取り組み、複数言語の共生のあり方を探求します。

「国際文化共生学部門」

「国際文化共生学部門」は多文化共生を理念に掲げて、国際協力の研究と総合的な国際文化研究に取り組みます。国際協力の分野では、現在の国際協力が抱える諸問題を批判的に検討し、その反省に立って将来のあるべき国際協力のあり方を探求し、新たな国際協力学の構築を目指します。その際、特に文化・言語的側面の重要性に着目します。国際文化研究においては、異なる地域の文化を総合的かつ学際的に研究し、地域文化を研究するための総合的な視角と方法論を構築するとともに、多文化共生の可能性を追求します。

「国際共生学講座」は、現代世界における国際協力の変動のさまざまな側面と現在の国際協力が抱える問題を分析・検討し、国際協力の将来あるべき姿とその理論、方法論を研究します。また、教育開発、保健医療、環境、ジェンダーなどといった分野について、発展途上国が抱える諸問題を考察します。
本講座は、従来「経済協力」「技術協力」という狭義に解釈されていた「国際協力」の概念を批判的に見直し、今後の国際協力においては言語的・文化的側面が重要になるとの認識に立って、新たな国際協力学の構築を目指します

「国際文化学講座」は、総合的な地域文化研究に取り組みます。文化の動態と多元性、文化間の接触といった観点を重視し、異なる地域文化の諸相を総合的・学際的に研究します。
また、具体的な地域の研究にとどまらず、従来の地域研究の方法論を批判に付し、地域文化を研究するための総合的な理論と方法論、異文化を捉える視角を探求します。さらに、今後の世界における多文化共生の可能性とそのあり方を追求します。